名古屋大学情報メディアセンターの利用について

(シミュレーションサマースクール用)


名古屋大学情報メディア教育センターのホームページ

名古屋大学情報メディア教育センターシステムのインターネットからの利用について


(1)メディア教育センターのコンピュータ利用環境

  ・端末エミュレータを開いてpasswordを書き換えてから使用開始する
        /opt/thrpassop/bin/tpassset 02act***   :***は3つの番号

  ・メディアセンターでは次のコンピュータが使用できます
    ・Sun (e001-e055)  55台  1cpu   E教室のSun
    ・PC  (c001-065)  65台 1cpu   C教室のSun
    ・Sun (sv010)       4cpu   メディア教育センター計算サーバ
    ・Sun (sv011)       2cpu   メディア教育センター計算サーバ
    ・SunFireV800 (sv080)   2cpu   富士通のCPUサーバ SunFireV800

  ・使用できるFortranコンパイラ
    ・Sun (sv010)       f77, f90, f95, frt
    ・Sun (sv011)       f77, f90
    ・SunFireV800 (sv080)     f77, f90, f95, frt

  ・各自のホームディレクトリのディスク使用量は30MBと小さいので、サマースク
   ール用の共通ディスクスペースを利用する

  ・講師用の共通ディスクスペースは約200GB
         sv080:/data1/に02act124, 02act132, 02act137 など
             /data2/に02act121〜129
               /data3/に02act130〜139
               /data4/に02act140〜152
               /data5/

  ・受講者用の共通ディスクスペースは約500GB。各自、/data/02act***/の下に
   directoryを作成して使用して下さい。一人当たり約5GB使用できる。
         sv080:/data/02act***/
         
  ・白黒プリンターへの出力
    ・lp file name            :C,E教室

  ・カラープリンターへの出力
    ・lp -d ccpr file name    :C教室
    ・lp -d ecpr file name    :E教室

(2)福田さん作成のSummer School用に設定ファイル

  Summer School用に設定ファイルを用意しました。
  /data1/02act124/source/env/.cshrc.local
  /data1/02act124/source/env/.Xdefaults

  〇環境設定について
  センターのワークステーションに入ったら、以下のコマンドを実行し、
  設定ファイルを更新してください。
   cp /data1/02act124/source/env/.cshrc.local ~/.
   cp /data1/02act124/source/env/.Xdefaults ~/.

  〇プログラムファイルの配布について
  ・1日目
  cp -r /data1/02act124/source/scalar /data/02act***/.

  ※***には各自のアカウント番号を入れてください。
  ※ホームディレクトリの容量は30MBと限られているため、
  ※計算はワークディレクトリ(/data/02act***/)でおこなってください。
   スーパーコンピュータ、Fujitsu VPP5000(vpp)に直接loginして利用

(3)並列3次元MHDコードと3次元可視化(荻野竜樹)での利用方法

  ・rloginでsv080に入る
  ・受講者用の各自の共通ディスクスペースにearthbのdirectoryを作成し
   て、そのdirectoryに移動
    cd /data/02act***   :***は各自のアカウントに対応する3つの番号
        mkdir earthb
        cd earthb
  ・講師用directoryの/data1/02act132/earthb/以下のファイルを
   /data/02act***/earthbにコピー
        cp /data1/02act132/earthb/* .
  ・/data/02act***/earthb/のdirectoryで計算とPostScriptを用いた図形
   処理を実行
  ・Fortran compilerは、f77を用いる。
    f90, f95, frt を用いてもよいが、warning or error がでることが
    ある。
    コンパイルとジョブ実行の方法はテキストを参照すること

  <スーパーコンピュータを用いた並列計算>
  ・MPIの並列計算MHDコードは、/data1/02act132/mearthb/以下のファイル
      を/data/02act***/mearthbにコピー
        cp /data1/02act132/mearthb/* .  :in /data/02act***/mearthb
  ・スーパーコンピュータ、Fujitsu VPP5000(vpp)に直接loginして、
   directory, mearthb を作り、/data/02act***/mearthb からそのvppの
   directory, mearthbにftpでファイルを送る。
    telnet vpp.cc.nagoya-u.ac.jp (133.6.90.2)
        ftp -i vpp.cc.nagoya-u.ac.jp (133.6.90.2)
        cd mearthb
        mput *
  ・スーパーコンピュータでのコンパイルと計算実行は、名古屋大学情報連
   携基盤センター計算機システムの利用について(サマースクール用:9/9)
   を参照
  ・スーパーコンピュータでの計算が終了したら/data/02act***/earthb/以下
   などに、ftpでデータを取ってきて、画像処理を実行
  ・VRML(Virtual Reality Modeling Language)の3次元可視化のファイル
   も同様に作成できる。VRMLのファイルを見るのには、Cosmoplayerなどを
   利用

(4)加減乗除の四則演算毎の処理速度の比較

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 SONY VAIO Pentium4 2.20GHz 1cpu     STE研の画像処理PC
 Sun (stcpu1, stcpu1)     2cpu   STE研のCPUサーバ Sun GP7000F(比較)
 Sun (e039)          1cpu   E教室のSun
 Sun (sv010)          4cpu   メディア教育センター計算サーバ
 Sun (sv011)          2cpu   メディア教育センター計算サーバ
 SunFireV800 (sv080)      2cpu   富士通のCPUサーバ SunFireV800

Table  1.   A  comparison of the processing capability in  computers.  A  test 
program   to execute the four fundamental arithmetic  calculations,  addition,  
subtraction,   multiplication and   division was used to  evaluate  the   com-
puter  processing  capability, where the unit is  millions  of  floating-point 
operations  per  second (MFLOPS) and the compiler option to  get  the  maximum 
performance was adopted  if a compiler option is not given.
-------------------------------------------------------------------------
   computer               compiler option     processing capability (MFLOPS)
------------------------------------------------------------------------- 
   SONY VAIO Pentium4  2.20GHz   lf95              547.56    (2002.09.03)
   Sun GP7000F (stcpu1)          frt -O             97.20    (2002.08.28)
   Sun (e039)                    f90 -O             18.45    (2002.08.28)
   Sun (sv010)                   f90 -O             22.88    (2002.08.28)
   Sun (sv011)                   f90 -O             27.83    (2002.08.28)
   Sun (sv080)                   f90 -O            138.13    (2002.08.28)
   DELL PowerEdge 2400           frt -O            213.1     (2001.11.20)
   DEC Alpha (500MHz)            f90                64.1     (1998.04.17)
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(5)サマースクールで使用する3次元MHDコードを用いて、1ステップ時間を進め
   るのに要する時間と計算速度(MFLOPS)への換算

Table 3. Comparison of computer processing capability of 3-dimensional global
         MHD code with a quarter volume: earthb with (nx,ny,nz)=(180,60,60).
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   computer             compiler option    processing capability (MFLOPS)
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                                            sec     MFLOPS
SONY VAIO Pentium4 lf95                    4.08008(    258) 0.07 (2002.09.03)
Fujitsu GR720    (1PE) Fortran 90 (frt)    7.72998(    136) 0.14 (2002.08.01)
Sun (stcpu1,shcpu1)    f90 -O              7.80560(    135) 0.14 (2002.09.03)
Sun (sv010)            frt -O             15.93353(     66) 0.07 (2002.09.03)
Sun (sv010)            f77 -O             15.93353(     66) 0.07 (2002.09.03)
Sun (sv011)            f77 -O             13.48993(     78) 0.08 (2002.09.03)
SunFireV800 (sv080)    f90 -O              4.90350(    214) 0.21 (2002.09.03)
SunFireV800 (sv080)    f77 -O              5.04834(    208) 0.21 (2002.09.03)
Fujitsu VPP-5000 (1PE) VP Fortran          0.19342(  5,428) 5.43 (2002.08.01)
Fujitsu VPP-5000 (2PE) VPP Fortran         0.10509(  9,990) 5.00 (2002.08.01)
Fujitsu VPP-5000 (2PE) HPF/JA              0.11064(  9,489) 4.74 (2002.08.01)
Fujitsu VPP-5000 (2PE) MPI                 0.09899( 10,606) 5.30 (2002.08.01)
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